神社の創建は、平安時代前期で清和天皇貞観年間とされている。
一ノ矢の地名にまつわる伝説によれば、むかし友永という勇士があって、三本足の鳥を射たところ、一の矢、ニの矢では射損じ、ようやく三ノ矢で射止めた。その一の矢の落ちたところから一ノ矢というようになったと伝えられている。
本殿は茨城県指定文化財建造物に、拝殿と覆屋はつくば市指定文化財建造物に指定されている。
毎年旧6月7日の祇園祭境内には、厄除けのにんにくを売る露店が並び、「ニンニク祭」として疫病除け、海難防止、五穀豊穣等の祈願のため多くの参拝者でにぎわう。